Le littoral étant un milieu fragile, il en est de même pour son équilibre écologique. Le cordon dunaire est un habitat floristique et faunistique important. Pour autant, il sert de zone tampon entre la mer et les habitations. Il est donc le premier impacté par l’érosion et les submersions marines, ce qui en menace son écologie.

Une autre problématique récurrente de l’écologie du littoral est la pollution. La plus visible est celle due aux incivilités, déchets sur les plages ou dans l’eau. De manière plus furtive, les pollutions biochimiques peuvent impacter les eaux marines, soit directement soit via les apports des bassins versants.